港口的地理环境和自然环境包括港口的地理位置和港口的自然条件。
港口的地理位置（自然地理、经济地理、交通地理、政治军事位置等）往往决定了港口在国家政治、军事和国民经济中的地位，对港口产生着持久、连续并带有质的影响；自然条件包含港口所在区域的地质、水文、气候、水域面积、航道水深等，自然条件决定了港口的开发价值和规模，影响着港口的本质属性，这些自然条件在港口规划、建设、生产经营方面时时影响着港口的生存和发展。自然资源是港口物流形成与提高的自然物质基础，港口资源本身所固有的自然特征是决定港口物流绩效较重要的要素。港口自然资源是在长期地质作用下自然形成的，由于不同港口所处的地理位置、自然条件、航道宽度和水深不同，使得港口自然资源的开发条件存在着很大的差异。因此，港口自然资源是其物流绩效评价的前提和基础。如果一个地区没有港口自然资源优势，无论那里的经济怎样发达，开发环境如何优越，都谈不上有较高的港口物流绩效。
一个港口的地理位置对其物流绩效的形成和提升有着不可忽视的影响。地理位置决定一个港口在全国经济发展大格局的位置，进而对港口物流的形成与变化产生基础性影响。长江三角洲、珠江三角洲以及环渤海湾“三大港口群”由于地理位置条件无可比拟的优势，在全国经济发展大格局中处于极为领先的位置。同时，地理位置的优劣，直接影响港口投资环境的好坏，进而影响港口物流的形成与演变。就港口来说，自然条件是无法改变或很难改变的，航道、水深、潮汐、天气等都是港口的自然条件，这些因素都直接影响到港口的运营和物流绩效。在世界上，大部分的枢纽港都有着良好的自然条件，随着当今航运业船舶日益大型化的趋势，只有拥有深水航道、深水泊位的港口才有可能在竞争激烈的国际航运市场取得一席之地。
当前，船舶大型化趋势使国际集装箱干线运输正在发生深刻的变化。船舶的营运对港口航道和水深条件的要求越来越高，因此，寻求水深超过十四五米的深水大港成为各个船公司的迫切需求，拥有可适应新一代集装箱船的水深条件能使港口在竞争中占据主动。在我国，水深平均超过10米的较大港口有大连港、秦皇岛港、青岛港、连云港、宁波港、厦门港等，而我国最大的港口——上海港，深水岸线资源已用完，进港航道水深严重不足。为了改变没有深水港的现状，朝着建成国际航运中心
的目标努力，上海已建设大小洋山港。大小洋山港拥有良好的水深条件，可以停泊大型集装箱船，自2005年12月10日正式开港以来，洋山深水港的吞吐量稳步上升，已达到预期目标。
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